La campagne de vaccination, c'est d'abord une opération logistique inédite et complexe. Les doses sont réparties par région par les services de l'État, l'Agence régionale de santé d'Île-de-France (ARS) distribue ensuite ces doses sur les 8 départements d'Île-de-France. Jusqu'ici, le calcul du nombre de doses s'appuyait sur le prorata de la population âgée de plus de 75 ans. Depuis le 26 avril, il se base sur la répartition de la population générale par arrondissement. La Ville travaille en lien très étroit avec l'ARS pour la diffusion des doses et, ainsi, anticiper au mieux la logistique. Chaque semaine, une fois que la dotation des doses pour Paris est connue, la Direction d'Action Sociale de l'Enfance et de la Santé de la Ville (DASES) planifie la répartition dans les centres de vaccination selon la proportion de la population de l'arrondissement.

Lorsqu'il y a deux centres dans un même arrondissement, la répartition est faite en fonction de la capacité de chaque centre. Elle planifie également le nombre de doses pour les opérations « aller vers », qui permettent de vacciner au plus près les personnes dans les quartiers prioritaires.

C'est l'ARS qui passe les commandes de vaccin et la Ville est en charge de la logistique du dernier kilomètre. Les livraisons sont effectuées deux fois par semaine. Pour ce faire, la DASES fait appel à un prestataire qui assure le transport des flacons de la pharmacie centrale de l'AP-HP (site congéloporteur) vers chacun des centres. Elle s'assure du bon déroulé de la prestation, et un comptage et une vérification des doses sont effectués à l'arrivée des vaccins dans chaque centre de vaccination. Les contraintes de transport sont spécifiques, les vaccins sont fragiles et doivent être conservés dans des cartons isothermes.

Fin avril, le dispositif est encore monté en puissance avec l'ouverture de deux centres de vaccination supplémentaires accueillent les Parisiens et les Parisiennes éligibles à la vaccination. Les 26 centres de la Ville fonctionnent à capacité presque maximale pour accueillir les Parisien.ne.s éligibles à la vaccination.

Le 5 mai , un centre de vaccination de très grande capacité, « vaccinodrome », ouvrira ses portes au sein du parc des expositions de la Porte de Versailles. Cette ouverture est le fruit d'une étroite collaboration entre la préfecture de police, l'agence régionale de santé d'Île-de-France, la Ville de Paris et la mobilisation de la brigade des sapeurs-pompiers de Paris.