Cette église, datant du XVII^e siècle, fut remaniée au XIX^e siècle. Depuis lors, aucune rénovation d’ampleur n’avait été réalisée. Les fissures des parements, colmatées au plâtre, laissaient des zébrures importantes aux murs, et les vitraux et tableaux, très encrassés, étaient peu lisibles. Entre 2018 et 2019, des travaux ont permis de redonner sa splendeur à l'édifice.

Un diagnostic réalisé en juillet 2014 a permis de définir le projet de restauration. Le programme de ce chantier de grande ampleur, qui a débuté en 2018 et a duré 14 mois, a permis de retrouver le décor originel de la nef et du chœur. Les voûtes et les parements verticaux de la nef, du chœur et de l’arrière-chœur ont été nettoyés puis un badigeon d’harmonisation a été mis en œuvre.

Par ailleurs, les recherches menées par la COARC (Conservation des œuvres d’art religieuses et civiles) ont permis de mieux connaître le processus de création des vitraux mais également du Calvaire, situé dans l’arrière-chœur, de la Gloire, située sur le tympan entre la nef et le chœur, et du maître-autel.

Coût des travaux : 1,2 million d’euros, financés par la Ville de Paris et l'Association Éparchie Sainte-Croix des Arméniens catholiques de France qui a apporté un mécénat de 500 000 euros.

Ary Scheffer. Saint Louis visitant les pestiférés, 1822.

Les huit grands tableaux ornant la nef de Sainte-Croix des Arméniens sont classés au titre des Monuments historiques. Ils datent du XVIIe, XVIIIe et du XIXe siècle. Ils ont été réalisés notamment par Ary Scheffer, Hugues Taraval, Thomas Degeorge et Bernard Gaillot. Cinq d’entre eux ont été restaurés à l’occasion de l’opération de rénovation intérieure de l’église et trois autres sont en cours de restauration.

Hugues Taraval. Le sacrifice de Noé, 1783.

L'église des Capucins du Marais, fondée en 1622 à l'emplacement d'un ancien jeu de paume, fut reconstruite au début du XVIIIe siècle et était alors dénommée Saint-Jean-Saint-François. Affectée au culte paroissial en 1803, son architecture, très simple, a subi peu de modifications : une grande salle rectangulaire couverte par une voûte en anse de panier, à laquelle est adjoint un seul collatéral, conformément à la tradition franciscaine. Le plan du chœur, reconstruit en 1828 par Hippolyte Godde, est également demeuré dans sa disposition initiale. Le portail sur la cour fut édifié par Victor Baltard en 1855.

Le décor du chœur se compose d'œuvres plus anciennes, provenant d'édifices disparus ou ayant changé d'affectation. Ainsi les grands tableaux de Claude François, frère Luc en religion, datant des années 1680 et qui retracent la vie de saint François, viennent de l'ancien couvent des Récollets. De même les boiseries du XVIIIe siècle proviendraient du temple des Billettes.

L'église, concédée depuis 1971 à l'Église catholique arménienne, a été rebaptisée Sainte-Croix-Saint-Jean et porte couramment de nos jours le nom explicite de Sainte-Croix des Arméniens. L'édifice, situé dans le périmètre du Plan de sauvegarde et de mise en valeur du Marais (PSMV), dont la révision a été approuvée par arrêté du 18 décembre 2013, bénéficie d'une "protection de type A" du PSMV et la cour qui la précède est classée "espace d'intérêt patrimonial majeur".

Dans le cadre statutaire de la loi de séparation des Églises et de l’État de 1905, la Ville de Paris est propriétaire de 96 édifices cultuels.

La Ville de Paris s’emploie à sauvegarder, restaurer et valoriser ce patrimoine dans le cadre d’un plan d’investissement mis en place en 2015. 140 millions d’euros de travaux ont été engagés, dont 80 millions dépensés sur la période 2015-2020.

L’État s’associe à cet effort et les souscriptions, le mécénat et les financements privés assurent également un apport additionnel à ce plan de restauration. Pour l'église Sainte-Croix-Saint-Jean des Arméniens, la Ville de Paris a ainsi conclu une convention de mécénat avec l'association Éparchie Sainte-Croix des Arméniens catholiques de France.