A l’origine de l’église de Saint-Merry se trouvait la chapelle Saint-Pierre-des-Bois où Merry, abbé de Saint-Martin d’Autun, est inhumé vers 700. Un culte se développe autour de cet abbé, si bien qu’une église à la fois dédiée à saint Merry et saint Pierre est construite à l’emplacement de la chapelle, à la fin du IX^e siècle. Elle est modifiée en 1200 pour ne conserver que le vocable de Saint-Merry puis entièrement reconstruite, un siècle durant, entre 1515 et 1612, car devenue trop petite face à l’accroissement des fidèles dans le quartier. Bien que construite en pleine période Renaissance, l’église est entièrement de style gothique flamboyant, à l’exception du clocher. Très tôt après l’édification de l’église s’élèvent des maisons de part et d’autre de la façade principale ainsi que sur tout le pourtour encadré par les rues de la Verrerie, du cloître Saint-Merry et des Juges-Consuls.

Le XVIII^e siècle est pour l’église une ère de remaniement. Tout d’abord, au niveau architectural : le chœur est remanié en 1752, le sol est dallé en marbre polychrome, des ouvertures sont créées et de nombreux vitraux sont remplacés par du verre blanc afin d’apporter plus de lumière. L’église s’offre alors un décor plus géométrique et répond aux nouvelles tendances architecturales de l’époque.

Sous la révolution, les statues du portail et de la façade sont détruites par des actes de vandalisme. L’église est fermée et transformée en fabrique de salpêtre en 1793. Lorsque l’église est rouverte en 1795, elle devient Temple du commerce à l’usage des théophilanthropes. Ce n’est qu’en 1803 que l’église en rendue au culte catholique. Ces changements n’empêchent pas un habitat très dense de se développer durant cette période, en témoigne l’immeuble qui fait l’angle de la rue Saint-Martin et de la rue de la Verrerie, construit au milieu du XVIII^e siècle. Les sculptures originales ayant été vandalisées à la Révolution, un nouvel ensemble sculpté est commandé en 1842 à Sylvestre-Joseph Brun et Etienne Desprez. Une partie des statues est réalisée à partir de moulages inspirés des 42 statuettes du portail méridional de Notre-Dame de Paris avant sa restauration par Viollet-le-Duc. A cette occasion, on sculpte un diable androgyne habituellement appelé « Baphomet », à la clé de l’ogive centrale.

En 1862, l’église est classée en tant que monument historique, avant de connaître un incendie en 1871 où le toit et le troisième étage du clocher sont touchés. Ce dernier est démoli en 1883.

Tout au long du XX^e siècle, l’église connaît des restaurations successives des vitraux et autres éléments ainsi que la démolition des maisons sur la façade nord, permettant ainsi le dégagement de l’église sur la place Igor-Stravinsky aujourd’hui. Saint-Merry devient alors un arrière-plan de choix pour les photos touristiques de la fontaine Stravinsky, où se côtoient des architectures des XVI^e, XIX^e et XX^e siècles.

De 2004 à 2005, une première phase de travaux a permis la restauration des parties hautes de la façade principale.

En 2013, la partie basse de la façade principale de l’église est à son tour restaurée, du portail occidental à l’ensemble de sculptures réalisé en 1842.

Depuis le dernier trimestre 2018, d’importants travaux ont débuté afin de restaurer les façades sud du chevet de l’église, la façade est du bras sud du transept, la tourelle est, la balustrade haute et les verrières. La restauration sera aussi l’occasion de parfaire l’étanchéité des toitures des bas-côtés et de réinstaller le système d’évacuation des eaux pluviales. Ces travaux sont prévus pour une durée de 12 mois et pour un budget de 2,2 millions d’euros.

Depuis 2016, plusieurs baies et vitraux ont fait l’objet de restauration, grâce au soutien financier de la Fondation Frédéric de Sainte-Opportune et de la Fondation Avenir du Patrimoine à Paris pour un montant total de 300 000 euros.

Enfin, le grand orgue sera au cœur d’une restauration en 2021.

Dans le cadre statutaire de la loi de séparation des Églises et de l’État de 1905, la Ville de Paris est propriétaire de 96 édifices cultuels.

La Ville de Paris s’emploie à sauvegarder, restaurer et valoriser ce patrimoine dans le cadre d’un plan d’investissement inédit mis en place en 2015. Ce sont ainsi 140 millions d’euros de travaux qui auront été engagés, dont 80 millions dépensés sur la période 2015-2020.

L’État s’associe à cet effort et les souscriptions, le mécénat et les financements privés assurent également un apport additionnel à ce plan de restauration.