Les aides financières de la Ville de Paris sont destinées à encourager des jeunes chercheurs. Elles sont versées sous forme de subvention aux organismes d'accueil des chercheurs afin de financer leurs travaux de recherche. Les aides sont attribuées à l'issue d'une procédure d'appel d'offres dite d'appel à projets. Depuis 2004, la Ville a sélectionné 27 équipes dans des disciplines variées. Chaque année, un appel à projets présente les conditions de participation, les modalités du financement pluriannuel.

Depuis 2008, les Grands Prix de la Recherche Médicale constituent chaque année un temps fort.

Année 2012
> Les Grands Prix  "Claude bernard" et "Jean Hamburger" sont attribués à Alain Fisher et Matthex Albert
 Année 2010
> Le prix « Jean Hamburger » 2010 : Ziad Mallat 
> Le prix « Claude Bernard » 2010 : Hugues de Thé  
Année 2009
> Le prix « Jean Hamburger » 2009 : Marc Lecuit 
> Le prix « Claude Bernard » 2009 : Yves Agid

Des centres de recherche engagent des études dans différents domaines. Ils sont subventionnés par des organismes privés et/ou publics.

» La Fondation voir et entendre, Institut de la Vision

» La Fondation ICM, Institut du Cerveau et de la Moelle épinière

» La Fondation Imagine, Institut des maladies génétiques

» L'institut Curie

» L'institut Pasteur

» Pépinière Paris Santé Cochin: ouverture en octobre 2009

» Paris Biopark, premier pôle d’entreprises en santé humaine

Outre les études menées en interne, notamment par le Laboratoire d'Hygiène de la Ville de Paris, la Ville réalise ou finance un certain nombre d'études en recherche médicale et santé. Ces travaux visent à éclairer les politiques publiques en la matière.

» Une étude sur l’obésité chez les petits Parisiens

 » La Ville étudie la qualité de l’air et de l’eau des piscines 

» Paris enquête dans ses écoles sur la résistance des poux

» Une étude avec une cohorte de nouveau-nés franciliens

» L'Observatoire régional de santé d'Ile-De-France (ORS)